有谁知道《骇客帝国》这部电影吗？
骇客帝国一共有三部
黑客帝国》的故事
黑客帝国 Ⅰ ：
托马斯•安德森是一个貌似普通的年轻人，但他一直用两种方式生活着。一个身份是在一家体面的软件公司里做程序设计员，和所有普通人一样过着平淡无奇的生活；而另一个身份则是电脑世界里的著名黑客，化名是尼奥。作为一个独自居住的人，他一直在做噩梦，就在这一天晚上，他遇到了改变他生活的事件。
在尼奥遇到崔尼蒂后，他的生活就开始变得诡异起来。当他上班时，他接到一个奇怪的电话，并遇到莫名其妙的追杀。
尼奥和特工史密斯的遭遇就象是一个噩梦一样可怕，尼奥也愿意相信这一切不过只是场噩梦。而另一个著名黑客莫菲斯的电话让尼奥更加疑惑。为了解开这些疑团，他跟随崔尼蒂来到了莫菲斯的房间。
尼奥发现自己在一个无法想象的地方醒来，随后发生的一切都是他无法理解的。
当尼奥再次醒来时，他发现自己在一艘名叫“尼布甲尼撒号”的飞船上。而莫菲斯等人的形象也发生了巨大的变化，他意识到自己和周围的世界和以前不再相同。
尼奥终于知道了自己的身份，他就是莫菲斯口口声声所说的那个“救世主”。当尼奥知道自己再也回不去后，他开始接受自己的命运。
在“尼布甲尼撒号”的船员中，塞弗是一个特工们有联系的线人。因为塞弗对真实生活感到失望，他希望回到矩阵的虚拟生活中去。因此他出卖了莫菲斯等人。
当莫菲斯决定带尼奥去见先知时，塞弗终于找到了机会。他一进入矩阵，就将手机丢入垃圾桶，以便特工追踪他们的行踪。尼奥见到先知后，却没有得到答案，反而对真相更加疑惑。
当尼奥他们回到接头处，因为他发现两只一模一样的黑猫连续走过，大家才发现特工已经设下了埋伏。最后因为塞弗的出卖，莫菲斯为了救出尼奥，毅然牺牲自己让尼奥逃走。
塞弗先回到了飞船，船上的同伴在毫无防备中被他用激光枪击中。于是尼奥的同伴们相继死去，正在千钧一发之机，重伤的坦克用激光枪击毙了塞弗，将尼奥和崔尼蒂从矩阵中救出。尼奥为了救出莫菲斯，决定去做一件以前从来没有人敢去尝试过的事情。
特工斯密斯正在对莫菲斯严刑拷问，正在这时，尼奥和崔尼蒂杀入特工的总部，经过一番恶斗救出了莫菲斯。
在地铁站内，尼奥为了掩护同伴，毅然留下和特工斯密斯展开恶斗。经过一番追逐后，尼奥还是被特工斯密斯乱枪打死。崔尼蒂和莫菲斯都不敢相信这一切。
尼奥再次复活，并真正开始了解矩阵的奥秘。面对可怕的特工，他不再象以前那样逃避，而是用自己的能力就将子弹阻挡在面前，并轻易地消灭了特工斯密斯。
而这一切并非结尾，故事只是刚刚开始。
“奥西里斯号”飞船在无意间发现成千上万的机器乌贼正在地面集结，并用巨大的机器向地下掘进。船长达里亚斯分析，它们的目的是毁灭位于地下的人类最后的城市——锡安。为了将这个消息送到锡安，“奥西里斯号”飞船展开了最后的绝命飞行。船长达里亚斯的情人乔自告奋勇进入矩阵传送这个紧急信息，同时“奥西里斯号”飞船为了给乔赢得送信的时间，也开始了最后的战斗。虽然最后“奥西里斯号”飞船全体壮烈牺牲，但这个消息终于送达了锡安。
黑客帝国 Ⅱ——重装上阵
锡安的船长们正在秘密开会，讨论机器乌贼的进攻问题。控制中心确认有25万的机器乌贼将在72小时内攻入锡安，但许多船长并不相信这个情报。莫菲斯带着尼奥和崔尼蒂赶到会议现场，请求其中一个船长帮助他等待先知的消息。
会议被一个神秘客人的消息打断，原来尼奥的老朋友——特工斯密斯死而复生，不再受矩阵的控制，并具有了自我复制的能力。
莫菲斯等人回到人类最后的城市锡安，他们将在这里为飞船充电，以便很快返回矩阵寻找先知。莫菲斯和议长哈曼以及司令官洛克之间为如何防御机器乌贼的进攻展开了激烈的争论。
夜晚，成千上万的锡安居民赶到山洞中的圣殿，莫菲斯发表了震撼人心的演说。
狂欢之后，无法入睡的尼奥和议长哈曼就机器的哲学展开了发人深省的讨论。
尼奥赶到矩阵中和先知会面，而先知的守护者塞拉弗的代码居然闪烁着金光，和绿色的矩阵代码完全不同。经过一番打斗后，塞拉弗确信尼奥就是救世主，带他进入了程序员出入的后门程序。
当先知走后，特工斯密斯在群鸦中现身了。尼奥对此并不惊讶，由于此时的尼奥能力比以前更加强大，众多斯密斯都没有能够将他击败。
为了找到关键人物“钥匙匠”，尼奥他们来到了矩阵中另一个和先知一样古老的程序梅罗文加的地盘。梅罗文加并不愿意将“钥匙匠”拱手送出。
这时梅罗文加的妻子帕塞芬意外地表示愿意帮助莫非斯他们。由于有了帕塞芬的帮助，尼奥他们终于找到了神秘的关键人物“钥匙匠”。
梅罗文加带人赶到，尼奥为了掩护莫非斯和崔尼蒂他们，留下和他们展开了一场恶斗。而梅罗文加手下最邪恶的双子幽灵也追踪莫非斯他们来到了高速公路。在这里，莫非斯、双子幽灵和特工三方进行了一场惊心动魄的搏斗。在最后的关键时刻，尼奥赶到救出了莫非斯和钥匙匠。
钥匙匠向船长们讲述了一个重大的秘密，原来他手里的钥匙可以打开通往矩阵源程序的大门。莫非斯相信这将终结人类和机器之间的战争。
当行动开始后，因为有一艘飞船被机器乌贼击毁，崔尼蒂为了挽救任务，不顾尼奥事前的警告而进入矩阵，切断了电源。
当钥匙匠带领尼奥和莫非斯进入到程序员通道后，阴魂不散而又无处不在的斯密斯出现了。最后钥匙匠牺牲了自己，终于打开了通往源程序的大门。尼奥进入到了这个神秘的地方，见到了矩阵的设计师。
崔尼蒂果然如尼奥梦中一般被特工的子弹击中。但尼奥以神奇的速度飞过矩阵，在半空中接住受伤的崔尼蒂，并用手取出了子弹，以他自身的神奇力量让崔尼蒂复活。
在现实世界中，“尼布甲尼撒号”飞船被机器乌贼击毁，尼奥他们在机器乌贼的追击下仓皇逃命。正在这个时候，尼奥忽然感到事情有些不一样，他在现实世界中也具有了矩阵虚拟世界中的超能力，仅仅用手就阻止了机器乌贼。然后他就昏了过去，留给观众们一个巨大的悬念。
黑客帝国 Ⅲ ——矩阵革命
本集故事紧接着上一集的剧情开始了。尼奥在一个虚拟环境中苏醒过来，不知道自己身在何处。而一个小女孩萨蒂告诉他，这是一个归“火车人”管的地方，是独立于矩阵的一个世界。而这个“火车人”则是梅罗文加的手下。
崔尼蒂和莫非斯赶到先知那里，发现先知的外貌已经改变了。先知告诉他们，她为了帮助尼奥，必须要以毁容为代价。先知告诉他们，尼奥现在被困在一个位于矩阵和真实世界中间的地方不能脱身。这个地方归梅罗文加管，如果要救尼奥，就必须要去找他。
尼奥发现自己被困在了地铁站，只能在原地绕圈，根本跑不出这个地方。
莫非斯他们和火车人展开追逐，但火车人很快就摆脱了莫非斯他们。于是莫非斯他们来到了地狱俱乐部找梅罗文加，照例又是一番激烈的枪战后，他们来到了梅罗文加的面前。
尼奥被救出后，发现自己有很多的困惑，于是又找到先知，想知道这些问题的答案。
斯密斯也赶到了先知家中，他感染了所有的人，开始得意地大笑。如果没有人阻止他，斯密斯就将毁灭整个矩阵世界。
所有的人都在为战争做着准备，而一直闭门思考的尼奥终于走了出来。他要一条船前往机器之城，和机器谈判彻底终结战争。所有的人都觉得这个主意很疯狂，因为从来没有人能够到达机器之城。但莫非斯的情人尼俄柏相信尼奥，把自己的船交给了尼奥和崔尼蒂。
在尼奥和崔尼蒂主准备出发时，被特工斯密斯附体的人类拜恩突然袭击了尼奥，将他的眼睛弄瞎了。但这时尼奥忽然发现自己可以不用眼睛就能够看见拜恩，发现了他被斯密斯附体的真相，最后终于杀死了拜恩。
这时机器乌贼已经攻到了锡安，人类和机器在空港展开了残酷的殊死搏斗。人类依靠巨大的机甲战士和乌贼进行着你死我活的战斗，所有的人类都在为自身的生存而战斗着。在最紧急的关头，莫非斯和尼俄柏驾驶飞船及时赶到，用电磁炸弹挽救了即将失败的战局。但是随后更多的机器乌贼赶到，锡安一片混乱，大家都在准备最后的战斗，没有人认为还有幸存的机会。
同时，尼奥和崔尼蒂也在向着机器之城进发。尼奥利用自己的超能力打开了一条血路，在激烈的战斗中，飞船穿越遮蔽了天空的云层，他们第一次见到了光明温暖的太阳。最后他们在付出了惨重的代价后终于达到了机器之城，崔尼蒂也为此付出了生命。尼奥终于和机器开始了谈判，最后以消灭斯密斯为代价达成了和平协议。
在暴雨中的矩阵，尼奥和斯密斯展开了惊天动地的最后决战。他们上天入地，最后终于来到了一切完结的时刻。
机器乌贼从锡安撤离了，战争终于结束了。在矩阵中，先知和建筑师进行了最后的对话，这些悬而又悬的对话似乎为我们揭开了最后的谜底。
回
对《黑客帝国》的一些疑问（黑迷进）
排除第三个问题（一楼回答很好，不用赘述）
其他三个问题包括补充的提问我放在一起说了：
首先，不知道LZ知不知道一个解释：锡安也是机器人世界制造出的幻觉，片中用绿蓝两种颜色的数据流来分别了，那么我们首先在这个前提上讨论你的几个问题：1.容易理解，因为还在虚拟程序中，尼奥的实力在对抗乌贼时升级，起初他的能力只能凌驾Matrix层面，现在可以凌驾两个层面即Zian层面，这才是他与其他the one的最大区别。
2、4和补充问题：回答这些问题也有另一个前提：不知道LZ想没想过，先知为什么要帮助人类，以及她真的是在帮助人类吗？作为机器世界的一段程序，先知一反常态如果没有合理解释可能吗？当然不可能。那么答案很明显她的动机还是为了机器世界。在解释这个之前，我们来明确下电影中人物所代表的深层角色：建筑师是统治者，他决定世界的走向，维持世界的和平。墨菲斯等人是意图颠覆世界建立新秩序的革命派。法国佬等人代表失势的守旧贵族派，但还是颇有实力底蕴的，而且我觉得他在之前很可能也是革命派，他妻子就说过他很久以前像尼奥，只是后来跟统治者苟合堕落了。最后，先知呢？是改革派，建筑师用救世主的谎言一次次让收集Matrix系统BUG的the one来到主机为Matrix系统打上补丁，并重启Zian系统（就是那个几个男的十几个女的重建Zian），而先知，这个激进的改革派，她想让整个Matrix系统重装完成最大限度的升级。而这是一个完全确定的前提，或者说结论，所以先知引导尼奥，为了完成对Matrix彻底革新（补充问题）。所以，为了达到目的，先知不惜以自己作赌注，建筑师最后也说她的游戏很危险（问题4）。所以，系统已经完成重装的升级，以后什么情况不好说（问题2）。
然后，说回来，推翻第一个前提，即Zian不是机器世界的虚拟系统，(不好意思这两天生病)那么尼奥一样是超越两个层面，那他不是黑客帝国最高生命体了？我觉得差不多了，但是他还是要和机器世界妥协。本人哲学功底不够，听说这里有一个多层面理论可以解释，我不大懂不过我用科学的维面理论解释觉得也差不多，尼奥等级高不代表他就无敌，所以还要和机器世界妥协。其实解释楼主的问题跟前面差不多，不一样的是如果Zian不是机器世界的虚拟系统，那尼奥的斗争可以说是真正胜利了，那么第二个前提岂不是站不住脚了？我觉得不是，先知的出发点在于升级Matrix系统这没有疑问，让人类自由选择是她在之前改造Matrix就已经在实行的了，那么让这种选择最大化到人们可以自由选择真实与虚幻也许是她认为的对Matrix的最大化升级。尼奥知道了，他与先知各取所需。
其实我觉得沃卓斯基兄弟（现在应该是姐弟了）的意图应该倾向于前一种，但是真正伟大的作品不正是让后人作出比作者更为深刻的解读吗，伟大作品的意义在于提问与启迪。我们的导演总是在讨论未来可能出现的人类对待机器智能的问题，而沃卓斯基提出的是在机器智能主导的文明中怎样对待人类的问题。从这个角度讲，《The Matrix》真是一部艺术性与思想性都极为出色的影视作品。
完
关于黑客帝国系列电影的一些疑问
矩阵就是那个虚拟世界，矩阵是一个巨大的网络，连接着无数人的意识，系统分配给他们不同的角色，就象电脑游戏中的角色扮演游戏一样，只是他们没有选择角色的权利和意识。人类通过这种联网的虚拟生活来维持自身的生存需要，但Matrix中的智能程序，也就是先知的角色，发现在系统中有1%的人由于自主意识过强，不能兼容系统分配的角色，如果对他们不进行控制就会导致系统的不稳定，进而导致系统崩溃。因此编写Matrix的智能程序，也就是建筑师就制造了“救世主”，让他有部分自主意识，并成为觉醒人类的领袖，带领他们建造了锡安。 母体不控制是虚拟世界，它是整个机器帝国的总称，是人类取的名字。 而那个机器乌贼帝国是由机器大帝控制。而母体、矩阵都是由那个机器大帝控制。 你如果看过黑客帝国3就知道，在矩阵里，有一个永远不变的定律——平衡。实际上尼奥和史密斯是维持矩阵平衡的两个极端产物，史密斯是尼奥的负影、另一面。电影中的特工史密斯实际上就是矩阵这个程序世界中的杀毒程序，他们在矩阵中是没有身体的，由于他们是杀毒程序，所以他们被矩阵赋予了超越常人的能力。在矩阵中他们具有改写人类角色程序的能力，所以可以不断借用他人身体。 尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。 特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。 因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。 其实你看了黑客帝国3就知道，尼奥不是打不过史密斯，他是和机器大帝做了笔交易，让矩阵恢复原装，尼奥牺牲自己，史密斯被消灭，停止战争，换取人类和机器间的和平。因为史密斯若再复制下去，就会使整个系统崩溃，造成整个机器帝国毁灭。但机器会毁灭人类。于是，他就进入矩阵和史密斯打，并故意让史密斯感染，这样两者被同时删除。
黑客帝国尼奥之路的一些问题
地铁站那关，听到火车经过的通知后把史密斯扔下轨道就行了，如果你怕他跳上来可以在平台上一直用枪扫射他，他会一直躲到被撞为止，于是就过关了
黑客帝国
《黑客帝国》的故事
黑客帝国 Ⅰ ：
托马斯•安德森是一个貌似普通的年轻人，但他一直用两种方式生活着。一个身份是在一家体面的软件公司里做程序设计员，和所有普通人一样过着平淡无奇的生活；而另一个身份则是电脑世界里的著名黑客，化名是尼奥。作为一个独自居住的人，他一直在做噩梦，就在这一天晚上，他遇到了改变他生活的事件。
在尼奥遇到崔尼蒂后，他的生活就开始变得诡异起来。当他上班时，他接到一个奇怪的电话，并遇到莫名其妙的追杀。
尼奥和特工史密斯的遭遇就象是一个噩梦一样可怕，尼奥也愿意相信这一切不过只是场噩梦。而另一个著名黑客莫菲斯的电话让尼奥更加疑惑。为了解开这些疑团，他跟随崔尼蒂来到了莫菲斯的房间。
尼奥发现自己在一个无法想象的地方醒来，随后发生的一切都是他无法理解的。
当尼奥再次醒来时，他发现自己在一艘名叫“尼布甲尼撒号”的飞船上。而莫菲斯等人的形象也发生了巨大的变化，他意识到自己和周围的世界和以前不再相同。
尼奥终于知道了自己的身份，他就是莫菲斯口口声声所说的那个“救世主”。当尼奥知道自己再也回不去后，他开始接受自己的命运。
在“尼布甲尼撒号”的船员中，塞弗是一个特工们有联系的线人。因为塞弗对真实生活感到失望，他希望回到矩阵的虚拟生活中去。因此他出卖了莫菲斯等人。
当莫菲斯决定带尼奥去见先知时，塞弗终于找到了机会。他一进入矩阵，就将手机丢入垃圾桶，以便特工追踪他们的行踪。尼奥见到先知后，却没有得到答案，反而对真相更加疑惑。
当尼奥他们回到接头处，因为他发现两只一模一样的黑猫连续走过，大家才发现特工已经设下了埋伏。最后因为塞弗的出卖，莫菲斯为了救出尼奥，毅然牺牲自己让尼奥逃走。
塞弗先回到了飞船，船上的同伴在毫无防备中被他用激光枪击中。于是尼奥的同伴们相继死去，正在千钧一发之机，重伤的坦克用激光枪击毙了塞弗，将尼奥和崔尼蒂从矩阵中救出。尼奥为了救出莫菲斯，决定去做一件以前从来没有人敢去尝试过的事情。
特工斯密斯正在对莫菲斯严刑拷问，正在这时，尼奥和崔尼蒂杀入特工的总部，经过一番恶斗救出了莫菲斯。
在地铁站内，尼奥为了掩护同伴，毅然留下和特工斯密斯展开恶斗。经过一番追逐后，尼奥还是被特工斯密斯乱枪打死。崔尼蒂和莫菲斯都不敢相信这一切。
尼奥再次复活，并真正开始了解矩阵的奥秘。面对可怕的特工，他不再象以前那样逃避，而是用自己的能力就将子弹阻挡在面前，并轻易地消灭了特工斯密斯。
而这一切并非结尾，故事只是刚刚开始。
“奥西里斯号”飞船在无意间发现成千上万的机器乌贼正在地面集结，并用巨大的机器向地下掘进。船长达里亚斯分析，它们的目的是毁灭位于地下的人类最后的城市——锡安。为了将这个消息送到锡安，“奥西里斯号”飞船展开了最后的绝命飞行。船长达里亚斯的情人乔自告奋勇进入矩阵传送这个紧急信息，同时“奥西里斯号”飞船为了给乔赢得送信的时间，也开始了最后的战斗。虽然最后“奥西里斯号”飞船全体壮烈牺牲，但这个消息终于送达了锡安。
黑客帝国 Ⅱ——重装上阵
锡安的船长们正在秘密开会，讨论机器乌贼的进攻问题。控制中心确认有25万的机器乌贼将在72小时内攻入锡安，但许多船长并不相信这个情报。莫菲斯带着尼奥和崔尼蒂赶到会议现场，请求其中一个船长帮助他等待先知的消息。
会议被一个神秘客人的消息打断，原来尼奥的老朋友——特工斯密斯死而复生，不再受矩阵的控制，并具有了自我复制的能力。
莫菲斯等人回到人类最后的城市锡安，他们将在这里为飞船充电，以便很快返回矩阵寻找先知。莫菲斯和议长哈曼以及司令官洛克之间为如何防御机器乌贼的进攻展开了激烈的争论。
夜晚，成千上万的锡安居民赶到山洞中的圣殿，莫菲斯发表了震撼人心的演说。
狂欢之后，无法入睡的尼奥和议长哈曼就机器的哲学展开了发人深省的讨论。
尼奥赶到矩阵中和先知会面，而先知的守护者塞拉弗的代码居然闪烁着金光，和绿色的矩阵代码完全不同。经过一番打斗后，塞拉弗确信尼奥就是救世主，带他进入了程序员出入的后门程序。
当先知走后，特工斯密斯在群鸦中现身了。尼奥对此并不惊讶，由于此时的尼奥能力比以前更加强大，众多斯密斯都没有能够将他击败。
为了找到关键人物“钥匙匠”，尼奥他们来到了矩阵中另一个和先知一样古老的程序梅罗文加的地盘。梅罗文加并不愿意将“钥匙匠”拱手送出。
这时梅罗文加的妻子帕塞芬意外地表示愿意帮助莫非斯他们。由于有了帕塞芬的帮助，尼奥他们终于找到了神秘的关键人物“钥匙匠”。
梅罗文加带人赶到，尼奥为了掩护莫非斯和崔尼蒂他们，留下和他们展开了一场恶斗。而梅罗文加手下最邪恶的双子幽灵也追踪莫非斯他们来到了高速公路。在这里，莫非斯、双子幽灵和特工三方进行了一场惊心动魄的搏斗。在最后的关键时刻，尼奥赶到救出了莫非斯和钥匙匠。
钥匙匠向船长们讲述了一个重大的秘密，原来他手里的钥匙可以打开通往矩阵源程序的大门。莫非斯相信这将终结人类和机器之间的战争。
当行动开始后，因为有一艘飞船被机器乌贼击毁，崔尼蒂为了挽救任务，不顾尼奥事前的警告而进入矩阵，切断了电源。
当钥匙匠带领尼奥和莫非斯进入到程序员通道后，阴魂不散而又无处不在的斯密斯出现了。最后钥匙匠牺牲了自己，终于打开了通往源程序的大门。尼奥进入到了这个神秘的地方，见到了矩阵的设计师。
崔尼蒂果然如尼奥梦中一般被特工的子弹击中。但尼奥以神奇的速度飞过矩阵，在半空中接住受伤的崔尼蒂，并用手取出了子弹，以他自身的神奇力量让崔尼蒂复活。
在现实世界中，“尼布甲尼撒号”飞船被机器乌贼击毁，尼奥他们在机器乌贼的追击下仓皇逃命。正在这个时候，尼奥忽然感到事情有些不一样，他在现实世界中也具有了矩阵虚拟世界中的超能力，仅仅用手就阻止了机器乌贼。然后他就昏了过去，留给观众们一个巨大的悬念。
黑客帝国 Ⅲ ——矩阵革命
本集故事紧接着上一集的剧情开始了。尼奥在一个虚拟环境中苏醒过来，不知道自己身在何处。而一个小女孩萨蒂告诉他，这是一个归“火车人”管的地方，是独立于矩阵的一个世界。而这个“火车人”则是梅罗文加的手下。
崔尼蒂和莫非斯赶到先知那里，发现先知的外貌已经改变了。先知告诉他们，她为了帮助尼奥，必须要以毁容为代价。先知告诉他们，尼奥现在被困在一个位于矩阵和真实世界中间的地方不能脱身。这个地方归梅罗文加管，如果要救尼奥，就必须要去找他。
尼奥发现自己被困在了地铁站，只能在原地绕圈，根本跑不出这个地方。
莫非斯他们和火车人展开追逐，但火车人很快就摆脱了莫非斯他们。于是莫非斯他们来到了地狱俱乐部找梅罗文加，照例又是一番激烈的枪战后，他们来到了梅罗文加的面前。
尼奥被救出后，发现自己有很多的困惑，于是又找到先知，想知道这些问题的答案。
斯密斯也赶到了先知家中，他感染了所有的人，开始得意地大笑。如果没有人阻止他，斯密斯就将毁灭整个矩阵世界。
所有的人都在为战争做着准备，而一直闭门思考的尼奥终于走了出来。他要一条船前往机器之城，和机器谈判彻底终结战争。所有的人都觉得这个主意很疯狂，因为从来没有人能够到达机器之城。但莫非斯的情人尼俄柏相信尼奥，把自己的船交给了尼奥和崔尼蒂。
在尼奥和崔尼蒂主准备出发时，被特工斯密斯附体的人类拜恩突然袭击了尼奥，将他的眼睛弄瞎了。但这时尼奥忽然发现自己可以不用眼睛就能够看见拜恩，发现了他被斯密斯附体的真相，最后终于杀死了拜恩。
这时机器乌贼已经攻到了锡安，人类和机器在空港展开了残酷的殊死搏斗。人类依靠巨大的机甲战士和乌贼进行着你死我活的战斗，所有的人类都在为自身的生存而战斗着。在最紧急的关头，莫非斯和尼俄柏驾驶飞船及时赶到，用电磁炸弹挽救了即将失败的战局。但是随后更多的机器乌贼赶到，锡安一片混乱，大家都在准备最后的战斗，没有人认为还有幸存的机会。
同时，尼奥和崔尼蒂也在向着机器之城进发。尼奥利用自己的超能力打开了一条血路，在激烈的战斗中，飞船穿越遮蔽了天空的云层，他们第一次见到了光明温暖的太阳。最后他们在付出了惨重的代价后终于达到了机器之城，崔尼蒂也为此付出了生命。尼奥终于和机器开始了谈判，最后以消灭斯密斯为代价达成了和平协议。
在暴雨中的矩阵，尼奥和斯密斯展开了惊天动地的最后决战。他们上天入地，最后终于来到了一切完结的时刻。
机器乌贼从锡安撤离了，战争终于结束了。在矩阵中，先知和建筑师进行了最后的对话，这些悬而又悬的对话似乎为我们揭开了最后的谜底。
最近重温了黑客帝国三部曲。。一直存在一个疑惑。。尼奥在现实世界为什么也有超能力。。
我也是在看到他爆了乌贼，才觉得锡安其实是母体创造的另外一个世界，这个世界的人自主意识强，而在母体里面存活的那些睡觉的人，自主意识没那么强，锡安的人想救睡觉的人，这也是母体安排的吧，而尼奥是唯一感觉到锡安也是虚幻世界的人吧。但是他最后还是救了锡安的人，这是为什么，他的本体又在哪里呢？真实的世界有是什么样子呢。黑客帝国这么拍的话，可以拍一个连续剧我估计
黑客帝国一点小疑问
1.墨菲斯在人类培养皿后面开了个洞，尼奥顺着洞掉进在下面接应的飞船里
2.是的
3.尼奥最后可以战胜特工，实际上是因为他复活后具有了识别矩阵代码的能力，并可以轻松改写这些代码，所以特工就不能再利用超能力战胜他了。 特工史密斯被尼奥消灭后，因为在他被尼奥消灭前明明是他先杀死了尼奥，所以这就导致了一个逻辑错误。因为这种程序上的逻辑运算错误，导致了特工史密斯不但拒绝被系统删除，而且由杀毒程序变成了病毒，最后危害到了整个矩阵世界。 因为这个逻辑错误是由尼奥导致的，所以特工史密斯就变成了和尼奥相对的负极。最后尼奥选择了让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡。
被史密斯感染的人都被一并删除了（被感染时他们在现实中已经死了）
祭祀在史密斯被删除后又活了，她只是一股意识，在现实中没有肉体