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黑客帝国第二部里最后点尼奥是怎么把乌贼干掉的？
是意念。
实际上安锡并非现实世界，所以尼奥仍然可以用意念。
所谓“现实”的锡安城虽然对立于母体，但却并非现实，而是程序世界的另一虚拟。此外，尼奥分别与先知和“黑客帝国之父”进行的深奥对话中，关于尼奥的特异性和锡安城的产生与六次毁灭等内容，也暗含锡安城并非“现实”的玄机。
其实根本没有什么现实。《黑客帝国》中有三个不同的世界：母体、火车人领域和锡安城，如圣父、圣子、圣灵般，它们仅只是程序的“三位一体”。只不过母体的程序最为高级，火车人领域是被淘汰了的古老程序——摩洛文的避身所，锡安城则是矩阵的实验并处理其自身无法摆脱的余数——“不加抑制就会威胁到系统本身”的基本变异。
没有任何人苏醒。现实的人体仍在庄周一样的梦中沉睡。
参考：
关于黑客帝国2结尾
1、尼奥醒了，尼奥从昏迷中睁开眼，眼前一个小女孩面带微笑地看着他。
2、他本来是人类反抗军的一员，和尼奥同一战线的，但在执行一次任务时被史密斯感染了，现在那个人其实是史密斯，他从矩阵来到了现实世界，所以要杀死尼奥。
3、尼奥在战舰中的肉体昏迷不醒，大家发现他的脑电波与在母体内的人很像，却诡异地在母体中定位不到他，这时接线员收到母体中先知的守护者泽拉夫的电话，告知先知要见他们。
墨菲斯一行人进入母体去见先知，先知告知他们尼奥被困于火车人的空间中需要他们的帮助才能脱困，先知吩咐泽拉夫协助墨菲斯营救尼奥。
基本信息
《黑客帝国2：重装上阵》是2003年上映的科幻动作电影，是莉莉·沃卓斯基，拉娜·沃卓斯基执导的《黑客帝国》系列电影的第二部，由基努·李维斯、劳伦斯·菲什伯恩、凯瑞-安·莫斯等主演。
影片主要讲述了尼奥中弹复活后变成了无所不能的“救世主”，他将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战。
黑客帝国2中,尼欧为什么能在现实中爆乌贼?
因为莫菲斯一直灌输给他的真实世界，是另一层虚拟空间，人类让电脑给耍得团团转。尼欧领悟到了，才手爆了乌贼，后期爆的更多。
黑客帝国乌贼为什么打人类
机械乌贼希望消灭人类。
由于机械帝国建立以后，综合国力远远的超出了人类的想象。无论是机械帝国的经济发展还是说起强大的生产能力，都不是任何其他国家所能相媲美的，严重威胁到了人类国家的未来。